Der QL basierte zudem auf einer Motorola-CPU der 68K-Serie, also einen für seine Zeit sehr fortschrittlichen Mikroprozessor als Kern. Allerdings wurde mit dem Motorola 68008 die kleinste Variante ausgewählt: Bei diesem Prozessor ist der Datenbus auf 8 Bit und der Adressbus auf 20 Bit reduziert, was den hardwaretechnischen Aufwand stark vereinfachte. Gegenüber einem gleich getakteten 68000 läuft der 68008 wegen der vermehrten Speicherzugriffszyklen etwa 15% langsamer: Der QL mit seiner mit 7,5 MHz getakteten 68008 CPU lief also etwa so schnell wie ein Computer mit einer mit 6,5 MHz getakteten 68000 CPU.