Ich benutz auch immer den CCS64.
Die Version, die ich noch habe (v3.0 Beta 1.7), ist noch ohne Nag-Screen und ich habe bisher kein Spiel gefunden, das nicht damit funktioniert hat.
Vielleicht haben sie ja in der neuesten Version die Kompatibilität von 99,99% auf 99,9999999% heraufgesetzt - who cares?
Technisch könnte ich da keine Unterschiede zu anderen (funktionierenden) Emulatoren nennen, höchstens dass ich VICE und noch früher PC64 immer recht frickelig zu bedienen fand.
Das ist dann für mich das ausschlaggebende Kriterium.
PS: Unter Linux hat man wohl keine Alternative zu VICE.