Systemwiederherstellung wäre einen Versuch wert, so wie sich das anhört wirst du wahrscheinlich nicht um eine komplette Neuinstallation rumkommen
Welches Windows hast du denn installiert, XP oder Vista? XP hat meines Wissens eine gewisse Reparierfunktion, dafür musst du im Bios das CD-Laufwerk vor der Festplatte als Bootlaufwerk angeben, die Windows XP CD ins Laufwerk und dann nochmal neu starten, dann lädt das CD-Menü. Dort hast du dann die Möglichkeit mit dem Reparieren.
Obs was bringt ist wie gesagt fraglich, bei mir hat meist nur komplettes neuinstallieren geholfen
Könnte allerdings auch an der Festplatte liegen. Stockt die beim Laden eventuell des öfteren? Das ließe dann auf eine sich langsam dem Ende zuneigende Festplatte schließen, da würde ich dann versuchen die Dateien so schnell wie möglich noch irgendwie zu retten.
Bezüglich des langen Hochfahrens. Ist das beim Start so, also wenn der Compie das System selbst lädt, oder beim Start wenn du schon den Windows-Hintergrund siehst? Bei zweiterem kanns auch sein das du deine Liste mit den automatisch startenden Programmen zu sehr zugemüllt hast (z. B. Office, WinAmp, etc., beim installieren dieser Programme haben diese meist nämlich das Häkchen schon gesetzt, übersieht man gern mal) Kannst du (jedenfalls unter WinXP) mit Start -> Ausführen -> msconfig nachprüfen was dort alles an Autostart gesetzt wurde.
Letzteres erklärt allerdings nicht das gar nicht mehr hochfahren..