Funktioniert das Gamepad bei anderen Spielen? Ich meine da v.a. Spiele, die Du nicht via ZSNES spielst.
Mal andere USB Ports für beide Pads ausprobiert? Solche Probleme kenne ich teiweise von anderen Emulatoren, wenn mehr als 1 Pad dranhängt.
Ist dein PC halbwegs aktuell? Würde dann eher zu bsnes raten, ist schon länger die Nummer 1 in Sachen SNES Emulation. Ansonsten könntest du mal die zinput.cfg löschen und noch neu konfigurieren.